Un DBMS è un prodotto complesso e quindi costoso in termini finanziari (se il DBMS è commerciale) e in ogni caso in termini di formazione all'uso dello strumento.
Un DBMS inoltre fornisce in forma integrata una serie di servizi difficilmente scorporabili. Ciò comporta una riduzione delle prestazioni e un aumento dei costi se questi servizi non sono indispensabili.
E' preferibile non usare un DBMS quando l'applicazione è semplice, relativamente stabile nel tempo e non prevede accesso concorrente da parte di più utenti. In tal caso meglio usare i file ordinari per archiviare i dati e delle procedure apposite per accedere ai dati.
Un approccio intermedio tra i file ordinari e i DBMS consiste nell'uso di documenti XML. L'approccio basato su XML elimina gli svantaggi citati dell'uso dei DBMS in quanto un documento XML è semplicemente un file di testo che può essere archiviato sfruttando direttamente il file system. Inoltre, tale approccio offre strumenti oramai consolidati (e non proprietari) per definire gli schemi, interrogare, trasformare, e accedere ai dati tramite linguaggi di programmazione. Come detto questo approccio non offre i vantaggi di concorrenza, consistenza, privatezza e affidabilità dei dati tipici dei DBMS.