L'ultima fase della progettazione di una basi di dati è la progettazione fisica. Prima di inniziare la progettazione fisica occorre scegliere un DBMS che implementi il modello dei dati dello schema logico. La progettazione fisica consiste delle seguenti attività:
Terminata questa fase la base di dati è stata completamente progettata e si passa alla sua realizzazione, cioè alla costruzione fisica delle tabelle e all'implementazione delle applicazioni della base di dati. Le applicazioni sono scritte in linguaggi di programmazione ad alto livello (C++, Java) e possono riutilizzare il codice SQL scritto per le transazioni. La fase di realizzazione è spesso seguita da una fase di ottimizzazione in cui le prestazione del DBMS sulla specifica base di dati vengono valutate e sono possibili cambiamenti dei parametri decisi durante la progettazione fisica (ad esempio, l'aggiunta di un nuovo indice).